Алонсо дебютировал в матче Копа дел Рэй против Логронеса 1-го декабря 1999 года. В дальнейшем 14 раз появлялся на поле в том сезоне, в следующем был арендован испанским Эйбаром.
Произвел благоприятное впечатление по ходу сезона 2001/2002, молодой Шаби также был успешен на протяжении сезона 2002/2003, забив 8 голов в 34 играх лиги, в то время как его клуб Реал Сосьедад ходил в числе соискателей титула испанского первенства.
Алонсо принимал участие в матчах сборной Испании против России и Португалии на Евро 2004, спустя больше года после международного дебюта. Одинаково полезен в оборонительных и атакующих действиях, обладает талантом диспетчера.