В 1994 году, в своем первом сезоне за детскую команду "Райо 13" десятилетний Торрес забил 55 мячей, после чего был приглашен на просмотр в "Атлетико". Юный футболист зарекомендовал себя с лучшей стороны и присоединился клубу из Мадрида в 1995 году. Спустя три года Торрес выиграл первый в карьере титул в составе молодежной команды. Руководство "Атлетико" подало заявку на участие в турнире под названием "Nike Cup Europe", на котором было представлено немало именитых европейских команд в возрастной категории до 15 лет. Торрес стал одним из лидеров команды и помог "Атлетико" победить в этом турнире, а позже был признан лучшим игроком Европы в данной возрастной категории.
В 1999 году Торрес подписал первый контракт со своим клубом. Выступления юного форварда в составе сборной Испании в возрастной категории до 16 лет также принесли успех. В 2001 году испанцы выиграли турнир в Алгарве и чемпионат Европы, на котором Фернандо забил 7 мячей в 6 матчах и был признан лучшим игроком. Дебютный матч юного голеадора за взрослую команду "Атлетико" состоялся в концовке сезона 2000-01, а уже через неделю он сумел забить свой первый гол, случилось это в игре против "Альбасете". Буквально через сезон "матрасники" вернулись в Ла Лигу, тогда показатели Торреса были весьма скромны – 6 мячей в 36 матчах Сегунды, но это обстоятельство не помешало Фернандо продолжить успешно выступать за сборные разных возрастных категорий. За свой первый сезон в высшем дивизионе Торрес сумел 13 раз поразить ворота соперников, а его "Атлетико" закончило чемпионат на 12 строчке. Чуть позже Фернандо дебютировал за молодежную сборную Испании.
На протяжении нескольких сезонов мадридский клуб безуспешно вел борьбу за право участия в Еврокубках. К примеру, в сезоне 2003-04 Торрес забил 19 мячей в 35 матчах и в девятнадцатилетнем возрасте самым молодым капитаном в истории клуба, но "Атлетико" финишировало на 7 строчке, уступив путевку в Кубок УЕФА "Севилье". Позже "Эль Ниньо" получил приглашение во взрослую сборную страны, дебютировав в товарищеском матче против сборной Португалии.
Интерес ведущих клубов Европы к Торресу возрастал, но каждый раз он оставался верным "Атлетико" и продолжал выступать за сборную Испании, в составе которой поехал на чемпионат Европы в 2004 году. На Чемпионате Мира 2006 в Германии Торрес отметился тремя голами. Сезон 2006-07 стал для "Эль Ниньо" последним в составе "Атлетико". 4 июля 2007 года футболист присоединился к "Ливерпулю", где сразу получил знаменитую майку с номером "девять", под этим номером ранее выступали такие легендарные футболисты как Раш и Фаулер.
